دانشکده کشاورزی دانشگاه مراغه بعنوان اولین واحد دانشگاه مراغه در سال ۱۳۶۶ تحت عنوان آموزشکده کشاورزی مراغه شروع به کار کرد و در سال ۱۳۷۷ به دانشکده ارتقا یافت.  دانشکده دارای شش گروه آموزشی
علوم و مهندسی آب،
علوم و مهندسی باغبانی،
علوم و مهندسی خاک،
مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی،
مهندسی گیاهپزشکی و 
مهندسی مکانیک بیوسیستم میباشد.
در حال حاضر دانشکده کشاورزی دانشگاه مراغه دارای 5 رشته در مقطع دکتری شامل اگروتکنولوژی در 2 گرایش اکولوژی و فیزیولوژی گیاهان زراعی و ژنتیک و به نژادی در گروه آموزشی مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی؛ فیزیولوژی پس از برداشت در گروه آموزشی علوم و مهندسی باغبانی و حشره شناسی در گروه آموزشی مهندسی گیاهپزشکی میباشد. همچنین 11 رشته در مقطع کارشناسی ارشد و 6  رشته در مغطع کارشناسی دانشجو می پذیرد.